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Di fronte all’inattesa evoluzione degli eventi, don Domenico Tanzella si convinse della necessità di affidare il culto della Vergine del pozzo ad un istituto religioso di rigida osservanza ed indicò i Francescani Alcantarini. Questa precisa scelta ha spinto gli storici a credere che la Madonna sia apparsa al pio sacerdote capursese tra San Pasquale Baylon e San Pietro D’Alcantara, e gli abbia imposto espressamente la fondazione a Capurso di un convento del loro Ordine.
Ciò è molto probabile. Sta il fatto che, quando Don Lorenzo Pappacoda, principe di Triggiano e Marchese di Capurso, pressato dal Tanzella, si rivolse nel 1713 alla Santa Sede per il nulla osta, chiese di fondare a sue spese un convento alcantarino accanto alla cappella di San Lorenzo.

I Francescani entrarono in Capurso soltanto il 5 novembre 1737. All’inizio del 1738 cominciò a sorgere l’edificio del Convento con annessa Chiesa, così si solennizzò la posa della prima pietra del convento, su progetto dell’Architetto Giuseppe Sforza di Bari. Nel febbraio 1739 già funzionava una comunità francescana con 7 religiosi, dediti al servizio della cappella di Santa Maria del Pozzo. I lavori furono sospesi per ben due volte a causa di acerrimi contrasti sorti da parte dei nemici della nuova fondazione. La facciata era stata progettata dirimpetto al paese con fronte di 43 metri, presentava forma compatta quasi quadrata: al piano terra si apriva un imponente porticato con due pozzi centrali; al piano superiore, sistemate sui quattro corridoi, si snodavano ben 38 celle monacali, adeguate alla povertà professata dagli Alcantarini.
Finalmente la fabbrica del Convento fu completata nell’ottobre del 1746. Oggi, tutto il prospetto risulta ben armonizzato con la facciata della Basilica, essendo stato arricchito di un colonnato superiore, su disegno dell’Arch. Angelo Pesce di Casamassima (Ba) (1847/48).
Intanto la sacra Immagine della Madonna del Pozzo, fin dal 24 agosto 1748 era stata già trasportata dalla sua primitiva Cappella nel nuovo più vasto refettorio dei religiosi, il quale fu adibito a chiesa per parecchi anni. Portato finalmente a compimento il bellissimo Tempio dedicato a «Maria SS. del Pozzo» il 27 agosto 1778, il prodigioso dipinto fu qui trasportato e collocato definitivamente nella Cona che sormonta l’Altare maggiore, tutto rivestito di marmi preziosi.