Francesco nasce ad Assisi nell'inverno del 1182 da Pietro di Bernardone, commerciante di stoffe, e Madonna Pica, francese di origini.
La fanciullezza trascorse serenamente in famiglia, anche perché una delle più agiate della cittadina umbra, e Francesco potè studiare il latino, il volgare, il provenzale e la musica; le sue note insieme alle sue poesie, furono sempre apprezzate nelle feste della città. Il padre desiderava avviarlo al più presto all'attività del commercio.
All'età di vent'anni partecipò alla guerra tra Assisi e Perugia, e fu fatto prigioniero. L’anno di prigionia e gli stenti plasmarono l'animo del giovane e più il corpo si indeboliva, più cominciava a subentrare in lui il senso della carità e del bene verso gli altri.
Tornò a casa gravemente malato e solo le amorevoli cure della madre ed il tempo lo ristabilirono, ma la vita spensierata, che nel frattempo aveva riassunto, gli sembrò vuota: ardeva di nuovo desiderio! Spinto da idee battagliere decise di seguire un condottiero in Puglia, ma giunto a Spoleto, ebbe un'apparizione del Signore, che gli ordinava di tornare indietro…fu questo l'inizio di una graduale conversione.
Francesco scelse la cura dei lebbrosi, il silenzio, la meditazione tra le campagne e le colline di Assisi, facendo spesso tappa nella Chiesetta di San Damiano nei pressi della città, e il crocifisso che era tra i ruderi gli parlò: «Va, ripara la mia casa che cade in rovina». Francesco vendette allora le stoffe della bottega paterna e portò i denari al sacerdote di San Damiano, ma l'ira di Pietro di Bernardone costrinse Francesco a nascondersi. La diatriba col padre fu risolta solo con l'intervento del Vescovo di Assisi, davanti al quale Francesco rinuncia a tutti i beni paterni: «Ora potrò dire Padre mio che sei nei cieli».
Cominciò un periodo di spostamenti: le gesta di Francesco passarono di valle in valle e dopo qualche tempo, il Signore “gli dette dei fratelli”: Bernardo da Quintavalle, Pietro Cattani, poco dopo Egidio e Filippo Longo. La data ufficiale della nascita dell'Ordine dei Frati Minori è il 1210 quando Francesco ed i suoi primi 12 compagni vengono ricevuti dal papa Innocenzo III che verbalmente approva la Regola. Nel 1212 iniziano i contatti con una giovane fanciulla di Assisi, Chiara degli Offreducci, e dall’ardento anelito di lei di seguire in tutte le orme del “padre poverello” Francesco, nasce l'Ordine delle Povere Dame di San Damiano, chiamate Clarisse dopo la morte di Chiara.
Nel 1216 ottiene da Onorio III l'indulgenza della Porziuncola, che prende il nome da un’altra piccola chiesetta posta a valle di Assisi e che diverrà la culla del nasciente Ordine.Nel 1219 Francesco parte per Acri e Damietta al seguito della crociata e giunge in Egitto alla corte del sultano Melek el-Kamel, per poi raggiungere la Palestina. Nel frattempo l'Ordine ha i suoi primi martiri, uccisi in Marocco.
Nel 1220 Francesco torna ad Assisi dove i suoi ideali di povertà, di carità, di semplicità hanno fatto presa su molti, inizia così un nuovo ciclo di predicazioni in tutta Italia e la decisione di aprire nuove rotte missionarie in tutta Europa e nel bacino del Mediterraneo.
A Fontecolombo, nei pressi di Rieti, redige una nuova Regola, approvata poi da Onorio III nel 1223, con il nome di “Regola bollata”. A Greccio, nel dicembre dello stesso anno, istituisce il Presepio, una tradizione cara alla cristianità. Nel 1224 sul Monte della Verna (Ar) riceve le stimmate, il segno di Cristo e il sigillo indelebile della sua santità. Francesco è stanco ed ammalato, il peregrinare per le predicazioni l'ha provato fuori misura, viene così curato a San Damiano, ospite di Chiara e delle Sorelle. Qui compone il Cantico delle Creature opera di alta religiosità e lirismo, che contiene tutti gli ideali dell'umiltà e della grandezza francescana.
Sentendo prossima la fine terrena, Francesco si fa portare alla Porziuncola, in Santa Maria degli Angeli, dove muore al tramonto della giornata del 3 ottobre 1226.
Il 16 luglio di due anni dopo veniva dichiarato Santo da papa Gregorio IX.